Российские ученые создали программу для анализа иммунитета
Разработка позволит ускорить развитие иммуногеномики
Группа российских ученых разработала многофункциональный браузер VDJviz для работы с большими объемами данных, которые зарабатываются с помощью нынешних средств анализа последовательностей ДНК.
«Сложный процесс созревания таких генов, называемый V(D)J-рекомбинация, лежит в основе формирования адаптивного иммунитета — защитной системы организма, теоретически способной противостоять любому встречаемому патогену и предотвращать развитие опухолей», — заявил специалист Иван Звягин.
Фрагменты из групп V, D и J объединяются, образуя уникальную последовательность, кодирующую антиген-распознающий участок рецептора в процессе VDJ-рекомбинации.
Каждый раз при созревании клеток В или Т данный процесс происходит снова и снова. В результате чего формируется большой набор В- и Т-клеток каждая из которых имеет уникальную структуру антиген-распознающего рецептора.
На сегодняшний день, при помощи молекулярной биологии можно устанавливать кодируюущие последовательности гипервариабельных рецепторов и иммуноглобулинов. Научные сотрудники восстанавливают репертуары клеток системы адаптивного иммунитета, с помощью разнообразных инструментов биоинформатики.
Эффективно решить данную задачу помогает VDJviz, так как программа не требует профессиональных навыков программирования и доступна любому ученому.
«VDJviz оптимизирует работу исследователей и поможет в разработке и проверке новых гипотез о формировании и работе системы адаптивного иммунитета. Новые знания в этой области необходимы для разработки новых методов терапии болезней аутоиммунного и онкологического характера, а также аллергий», — добавил Звягин.